Sua atuação se inicia ainda no movimento estudantil, quando foi Coordenador-Geral do DCE da UFBA em 1992 e dirigente da União Nacional dos Estudantes em 1993, experiências que contribuíram decisivamente para sua formação em espaços sociais coletivos e pela percepção da Universidade dentro do seu contexto social, com escuta ativa, na construção coletiva e na mediação de conflitos. Em 1999, foi um dos criadores do Curso Pré-Vestibular Popular Oficina de Cidadania, iniciativa de educação popular que funcionou na UFBA, no IGEO, entre 1999 e 2012, ampliando o acesso de jovens de origem popular ao ensino superior e consolidando-se como referência em extensão universitária e do programa de ações afirmativas da UFBA.

Professor efetivo da UFBA desde 2006, hoje Professor Associado 4, Penildon desenvolve pesquisas na área de Educação, com ênfase em Administração de Sistemas Educacionais, atuando nos campos da Educação básica e superior, cidadania, políticas de acesso, permanência, extensão e Educação Comparada. Acrescente-se a participação em atividades de extensão ligadas a movimentos sociais simultaneamente às atividades de ensino na Pós-Graduação. Sua trajetória procurou combinar pesquisa acadêmica, participação social e funções de gestão que exerceu ao longo dos anos.

Entre 2007 e 2011, como Diretor-Geral do Instituto Anísio Teixeira, órgão estratégico da Secretaria da Educação do Estado da Bahia, destacou-se pela gestão que conduziu políticas de formação de professores em larga escala, pesquisa educacional e experimentação pedagógica, sempre orientado pelo diálogo com educadores e redes de ensino. Essa gestão é retratada no livro “Formação dos Profissionais da Educação, Experimentação e Inovação em Tempos de Transição nas Políticas Públicas”. Posteriormente, entre 2011 e 2012, atuou como Secretário de Comunicação de Vitória da Conquista, levando para a gestão pública uma visão integrada de comunicação, transparência e a busca pela relação com os movimentos sociais.

De 2014 a 2022, à frente da Pró-Reitoria de Ensino de Graduação da UFBA, contribuiu em um dos períodos mais desafiadores da universidade, combinando planejamento e articulação institucional, com atenção permanente às demandas de estudantes, docentes e técnicos. A gestão foi marcada pelo fortalecimento das políticas de acesso, permanência estudantil e inovação pedagógica, sempre baseada no diálogo e na construção coletiva.

Atualmente, como Vice-Reitor da UFBA, Penildon Silva Filho continuou contribuindo com a gestão universitária, procurando fazer uma síntese da busca pela competência técnica, pela escuta sensível, mantendo a universidade como espaço de excelência acadêmica, compromisso social e democracia institucional.